Estruturação e organização em qualquer projeto são essenciais em todos os níveis do desenvolvimento!
A estrutura do site não diz respeito apenas à forma como o código é escrito, mas também envolve estruturação de pastas do seu projeto. Esse é um dos primeiros cuidados que costumo tomar antes de começar a desenvolver. Ter uma estrutura de pastas como imagens, css, javascripts, includes e etc., bem organizadas facilita o trabalho de toda a equipe envolvida.
Já em relação ao código, ele é considerado bem estruturado quando poupa tempo nas manutenções preventivas e emergenciais. Fazer uso da identação é um dos principios para o desenvolvimento, não importa se é um css, html, html + alguma linguagem deprogramação – javascript, por exemplo, SEMPRE faça uso da identação. Não é por que você está utilizando um framework quepode esquecer-se dela. Faça uso do TAB algumas vezes, pois além de ficar mais claro e organizado, falicita o trabalho em equipe, caso um novo desenvolvedor precise dar suporte ao seu projeto.
Antes de começar um projeto, pense em todas as estruturas possíveis e necessárias. Pode parecer, a princípio, que são horas perdidas, mas no decorrer do projeto podem salvar alguns dias caso tenha problemas.